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① 蟲害:銀杏的主要蟲害有銀杏大蠶蛾，又名白果蟲，幼蟲食害葉片，隨蟲齡增加，食葉嚴重，可放赤眼蜂生物防治、燈光誘殺、人工捕殺等。藥劑防治采用500倍敵百蟲或500倍50%殺蟲雙噴灑。
小卷葉蛾，多危害老樹，造成樹勢不強，枝條細弱，落葉、落果、翌年不萌芽等。然后轉而食害葉肉，甚至爬上樹干蛀食樹皮，3月下旬至4月上旬用800倍80%敵敵畏混用，效果達100%。6月中旬大部分幼蟲鉆人樹干,用敵敵畏原液、鄰二氯苯及柴油以4:5:10的比例配制成油霧劑噴灑樹干，效果很好。
② 病害：白果霉爛病:常發生在貯藏期，感病后外表種皮有一層墨綠色霉,切開后，種仁呈糊狀，有酒糟味，嚴重影響白果的商品價值和發芽率。防治上注意種子充分成熟后采收,層積貯藏前充分晾曬，并用0.5%的錳酸鉀液浸泡30分鐘，再用清水沖洗晾干，濕砂則可40%甲醛稀釋10倍后噴灑消毒。貯藏溫度在04攝氏度,注意適當通風。
銀杏莖腐病:高溫炎熱、雨水較多的地區發病較重，嚴重時死苗率達90%以上，多發生在12年生苗上，感病后莖基部呈褐色，并逐漸使皮部皺縮，葉片下垂失去正常綠色，莖基內皮組織腐爛呈海綿狀或粉末狀,灰白色，有許多黑色小苗核，并擴散到木質物，髓部和根部,然后根皮脫落，全株死亡。高溫季節，病菌從土壤傳人受灼傷、水澇和機械損傷的瘦弱苗。防治上應培育壯苗，高溫季節應遮蔭，雨水過多應排水,干旱高溫時應澆水,在苗行間鋪草，保溫保濕，清潔田園，及時拔除病株。發病期間用1%亞硫酸液噴灑，有一定效果。
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